2000年3月，东山区人民政府决定在二沙岛成立广州市育才高级实验中学。
2000年9月，学校第一批学生—育才中学与美国合作的首批高中赴美交流生到校上课。
2001年9月，学校改制为民办初级中学，更名为广州市东山区育才实验学校。
2003年9月，教学楼（求索楼）加层工程竣工并投入使用。
2004年7月，学校第一批毕业生中考平均分位列广州市前列，引起社会强烈反响。
2005年1月，包含宿舍、体育馆、饭堂的综合大楼（求实楼）竣工并投入使用。
2005年5月，随着行政区的调整，学校更名为广州市越秀区育才实验学校。
2006年1月，学校被评为广州市一级学校.
2008年9月，由香江集团投资、育才实验学校负责管理的增城香江学校（后更名为广州市香江中学）创办，经历多年努力，增城校区逐步发展成为广州市东部教育教学质量首屈一指的民办学校。
2011年1月，李统耀老校长从掌舵者的位置光荣退休，交棒给年富力强的邹连文校长。
2011年7月，邹连文校长带领众师生再攀高峰、续创辉煌，2011年7月以725.97的中考总平均分夺得广州市第一。2012年-2015年连续以728.62、723.75、729.62、727.5的中考总平均分名列广州市前茅。
2013年，由香江集团投资兴建、育才实验学校以品牌输出及管理输出负责管理广州市番禺区香江育才实验学校创办，邹连文校长兼任番禺校区校长。经历两年努力，番禺校区逐步发展成为广州市南部教育教学质量首屈一指的民办学校。
时至今日，育才实验学校形成了一校三区的教育格局，建成了育才实验教育集团，成为广州市教育一个响亮的品牌。